Como muchos edificios religiosos construidos en Honduras durante la época colonial, la iglesia del Cristo de las Mercedes, en Santa Lucía, Departamento de Francisco Morazán, comenzó como una ermita dedicada a las conmemoraciones religiosas que debían efectuar los habitantes originales de esta zona geográfica, cuando estuvieron recién evangelizados por los frailes franciscos de La Merced.

Posteriormente, cuando la iglesia fue administrada por las autoridades eclesiásticas de Tegucigalpa, en la primera mitad del siglo XVII, se construyó un edificio más grande, con nave central y las torres de los campanarios, usando como fundación la ermita original, que debió estar ubicada en la parte del presbiterio y el retablo principal. La iglesia fue restaurada durante el cambio de siglo XIX a siglo XX y en ese tiempo se elaboró su fachada actual. Desde 2010 se llevan a cabo las restauraciones del retablo mayor, el techo, los atrios laterales, la zona de los baños y los jardines.

En un inicio, el sitio fue dedicado a Santa Lucía de Siracusa, porque los pobladores españoles comenzaron a habitarla desde un 13 de Diciembre (¿1520 – 1530?), fecha cuando se conmemora el martirio de esta santa, ocurrido durante la persecución que dirigió el emperador Diocleciano, en el siglo IV. En el año 1572 llegó a Comayagua un gran lote de estatuas de Cristo, la Virgen y varios santos, donadas por el Rey Felipe II, quien las había encargado a famosos maestros escultores españoles, para hacer una dádiva a las diferentes iglesias que se habían establecido a lo largo de toda la provincia (¡En ese tiempo se llamaba Comayagua, a toda Honduras!). Dentro de ese lote estaba el Cristo Señor de Las Mercedes, que fue enviado a Santa Lucía. Desde entonces, la iglesia de Santa Lucía tiene dos patronos: Santa Lucía y el Cristo Señor de Las Mercedes.