En su afán por establecerse en el interior de Honduras para empezar a generar riquezas en estas nuevas tierras, los conquistadores españoles construyeron un fuerte en el centro de la provincia de Gracias a Dios, hoy Gracias, Departamento de Lempira, aproximadamente en el año 1536. Este fuerte o “fortaleza”, como la llaman hoy algunos, en realidad era un asentamiento europeo típico de frontera, amurallado con alguna mampostería y empalizada, conteniendo en su interior las mínimas comodidades: una capilla-iglesia, un minúsculo mercado con herreros y talabarteros, barracas para descansar y caballerizas. Fuera de allí, se utilizaban algunos espacios en los alrededores, para cultivar granos y criar ganado.

Para su protección, el Fuerte debía estar dedicado a un santo de la Iglesia Católica, según la tradición. El más frecuente en ser escogido por las comunidades de frontera era San Sebastián, quien siendo un soldado romano profesional, se convirtió al Cristianismo, en tiempos del emperador Dioclesiano, y debido a su fe, fue condenado a ser flechado por sus mismos compañeros de armas. Al sobrevivir de milagro, se presentó ante el rey para reclamarle no perseguir más a los cristianos, y esta vez sí fue martirizado. Por tal motivo, se le consideraba el santo para los sitios ubicados en medio de territorios hostiles y distantes de la autoridad real, como los territorios de las diferentes provincias en las que se dividió el territorio hondureño, durante el primer siglo de la época colonial.

El fuerte debía representar hacia los nativos del lugar, la presencia del reino español y también de la Iglesia Católica en forma contundente, dentro de los territorios que debían conquistarse y ocuparse. La provincia de Gracias a Dios poseía la mayor población nativa en aquellos días. Estos terrenos con climas y paisajes agradables como el del valle de Comayagua (Bosque Seco Tropical) eran los preferidos por los europeos, porque resultaban adecuados para el establecimiento y crecimiento de poblaciones completas que pronto se convertirían en ciudades pequeñas, con sus respectivas iglesias-conventos, haciendas, huertos, ganaderías, minas y comercio (mercados).

El fuerte nunca recibió un ataque organizado de nativos, pues no existía en la provincia de Gracias a Dios una tradición guerrera como la encontrada en Tenochtitlán por Hernán Cortés. Los Lencas no contaban con la organización social necesaria para enfrentar a los europeos conquistadores, y tampoco poseían las armas adecuadas como las de los guerreros águila o los guerreros jaguar, del México precolombino, mucho menos la capacidad de movilización bélica, para expulsarlos de sus territorios. Antes bien, preferían huir al interior de las montañas y cerros, para librarse de la autoridad española. Si ocurrían algunos ataques rápidos a los viajeros que se alejaban de los caminos reales, pero estos eran más cercanos al pillaje que a auténticas escaramuzas militares.

La edificación de la fortaleza de San Sebastián ha sido reconstruida en varias ocasiones. La última vez, cuando gobernaba don Tiburcio Carías Andino. Lamentablemente, no es posible exponer más detalles, pues el archivo de Gracias sufrió un grave incendio en 1885.